ORCA: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(tes formatting tabel)
(overhaul halaman ORCA update 16/02/2023)
Baris 30: Baris 30:
|orca/5.0.3-OMPI4.1.1
|orca/5.0.3-OMPI4.1.1
|V
|V
|
|V
|
| -
|
| -
|
|V
|}
|}
== '''Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core''' ==
== '''Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core''' ==
Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada '''''main-input''''' di '''file input''':
Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada '''''main-input''''' di '''file input''':


---
=== '''!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal''' ===
 
=== '''Maksimal 8 Core: !PAL''' ===
Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:  
Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:  
  ! B3LYP 6-31G(D) OPT '''PAL4'''
  ! B3LYP 6-31G(D) OPT '''PAL4'''
Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.
Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.


---
=== '''%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU''' ===
 
=== '''Lebih dari 8 Core: %PAL NPROCS''' ===
Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:  
Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:  
  ! B3LYP 6-31(D) OPT  
  ! B3LYP 6-31(D) OPT  
Baris 53: Baris 49:
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.


== '''Menjalankan ORCA di Job Composer''' ==
== '''Menjalankan ORCA''' ==
{| class="wikitable"
User dapat menjalankan ORCA dengan pilihan ''(klik judul untuk tutorial lengkap)'':
|'''1'''
=== [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#3_-_Menjalankan_Komputasi_ke_Compute_Node_via_Job_Composer EFIRO Job Composer]===
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
Dengan pilihan template yang tersedia:
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=]]
|-
|'''2'''
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px]]
|-
|'''3'''
|
==='''Memilih Template ORCA'''===
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template ORCA yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.]]
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Template ORCA
!Nama Template
! Nama Template
!Penjelasan  
!Penjelasan
|-
|-
|ORCA 4.2.1
|ORCA 4.2.1
| Menjalankan ORCA versi 4.2.1
|Menjalankan ORCA versi 4.2.1
|}
|-
|-
| rowspan="2" |'''4'''
|ORCA 5.0.3
|
|Menjalankan ORCA versi 5.0.3
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''===
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
|-
|''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|-
|'''5A'''
|
==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]]
 
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.'''''
|-
| rowspan="2" |'''5B'''
|
==='''Panduan lengkap mengisi Submit Script:'''===
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]
|-
|
==='''Fitur MPI pada ORCA'''===
ORCA menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
**User dapat menjalankan ORCA hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
** Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
|-
| rowspan="3" |'''6'''
|
==='''Menjalankan Job'''===
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
 
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
|-
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
{| class="wikitable"
! Status
!Arti
|-
|Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|Running
|Job berjalan.
|-
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|-
|Completed
|Job selesai berjalan.
|-
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
|}
===[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#4_-_Menjalankan_Komputasi_ke_Compute_Node_via_SLURM_sbatch SLURM sbatch via Terminal]===
Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan ORCA. Untuk nama modul software lihat tabel pada subbab'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/ORCA#Modul_ORCA Modul ORCA]''' diatas.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Contoh SLURM Submit Script ORCA
|-
|-
|
|
===Stop atau Cancel Job===
#!/bin/bash
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.
 
 
echo <<README
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
|-
Template SLURM Submit Script
|'''7A'''
Software        : ORCA
|
Versi          : tergantung input user
==='''Melihat hasil job yang selesai'''===
Update script  : 16/02/2023
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]]
|-
NOTES:  
|'''7B'''
1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
|
2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang
==='''Submit Ulang Job'''===
    sekiranya perlu diubah.
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''. |}
3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi
    ALELEON Supercomputer lihat:
    <nowiki>https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer</nowiki>
4. Perhatian: samakan jumlah SBATCH ntasks dengan jumlah core CPU
    yang didefinisikan pada input ORCA user apabila menggunakan
    parameter PAL atau NPROCS untuk dapat berjalan multi-core.  
 
README
# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------
# Alokasi jumlah compute node
#SBATCH --nodes=////
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt 
# Memuat modul software ORCA
module load orca////
# Nama input file ORCA dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.inp'
# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
 
# Menyimpan full PATH orca dengan which
RUN_ORCA=$(which orca)
# Perintah menjakankan ORCA (harus dengan full PATH)
${RUN_ORCA} ${INPUT_FILE}
|}
|}

Revisi per 16 Februari 2023 08.34

Orca logo.png

ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.

Modul ORCA

Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

4.2.1 orca/4.2.1-OMPI3.1.4 - V - - V
5.0.3 orca/5.0.3-OMPI4.1.1 V V - - V

Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core

Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada main-input di file input:

!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal

Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU: 

! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4

Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.

%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU

Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU: 

! B3LYP 6-31(D) OPT 
%PAL NPROCS 32 END

Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.

Menjalankan ORCA

User dapat menjalankan ORCA dengan pilihan (klik judul untuk tutorial lengkap):

EFIRO Job Composer

Dengan pilihan template yang tersedia:

Nama Template Penjelasan
ORCA 4.2.1 Menjalankan ORCA versi 4.2.1
ORCA 5.0.3 Menjalankan ORCA versi 5.0.3

SLURM sbatch via Terminal

Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan ORCA. Untuk nama modul software lihat tabel pada subbabModul ORCA diatas.

Contoh SLURM Submit Script ORCA 
#!/bin/bash
  
echo <<README

Template SLURM Submit Script
Software        : ORCA
Versi           : tergantung input user
Update script   : 16/02/2023

NOTES: 
1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang 
   sekiranya perlu diubah.

3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi 
   ALELEON Supercomputer lihat: 
   https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer

4. Perhatian: samakan jumlah SBATCH ntasks dengan jumlah core CPU
   yang didefinisikan pada input ORCA user apabila menggunakan
   parameter PAL atau NPROCS untuk dapat berjalan multi-core. 
 
README

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah compute node
#SBATCH --nodes=////

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job 
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt   

# Memuat modul software ORCA
module load orca////

# Nama input file ORCA dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.inp'

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
 
# Menyimpan full PATH orca dengan which
RUN_ORCA=$(which orca)

# Perintah menjakankan ORCA (harus dengan full PATH)
${RUN_ORCA} ${INPUT_FILE}
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=ORCA&oldid=1013"