ORCA: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎SLURM sbatch via Terminal: formatting template)
Baris 89: Baris 89:
  4. Perhatian: samakan jumlah SBATCH ntasks dengan jumlah core CPU
  4. Perhatian: samakan jumlah SBATCH ntasks dengan jumlah core CPU
     yang didefinisikan pada input ORCA user apabila menggunakan
     yang didefinisikan pada input ORCA user apabila menggunakan
     parameter PAL atau NPROCS untuk dapat berjalan multi-core.''  
     parameter PAL atau NPROCS untuk dapat berjalan multi-core. ''
  -----  
  -----  
  README
  README
Baris 127: Baris 127:
   
   
  ORCA 4.2.1 -> '''orca/4.2.1-OMPI3.1.4'''
  ORCA 4.2.1 -> '''orca/4.2.1-OMPI3.1.4'''
  ORCA 5.0.3 -> '''orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1'''''
  ORCA 5.0.3 -> '''orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1'''
  -----
  -----
  DAFTARMODUL
  DAFTARMODUL

Revisi per 16 Februari 2023 09.43

Orca logo.png

ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.

Modul ORCA

Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

4.2.1 orca/4.2.1-OMPI3.1.4 - V - - V
5.0.3 orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1 V V - - V

Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core

Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada main-input di file input:

!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal

Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:

! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4

Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.

%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU

Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:

! B3LYP 6-31(D) OPT 
%PAL NPROCS 32 END

Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.

Menjalankan ORCA

User dapat menjalankan ORCA dengan pilihan (klik judul di bawah ini):

EFIRO Job Composer

Dengan pilihan template yang tersedia:

Nama Template Penjelasan
ORCA 4.2.1 Menjalankan ORCA versi 4.2.1
ORCA 5.0.3 Menjalankan ORCA versi 5.0.3

SLURM sbatch via Terminal

Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan ORCA. Perhatikan nama modul mengacu versi ORCA yang akan digunakan.

Contoh SLURM Submit Script ORCA
#!/bin/bash

echo <<README
-----
Template SLURM Submit Script
Software        : ORCA
Versi           : tergantung input user
Update script   : 16/02/2023

NOTES: 
1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang 
   sekiranya perlu diubah.

3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi 
   ALELEON Supercomputer lihat: 
   https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer

4. Perhatian: samakan jumlah SBATCH ntasks dengan jumlah core CPU
   yang didefinisikan pada input ORCA user apabila menggunakan
   parameter PAL atau NPROCS untuk dapat berjalan multi-core. 
----- 
README

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah compute node
#SBATCH --nodes=////

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job 
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file ORCA dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.inp'

# Memuat modul software ORCA
module load orca////  

echo <<DAFTARMODUL
-----
Daftar nama modul ORCA saat ini, 
pilih modul ORCA yang akan digunakan: 

ORCA 4.2.1 -> orca/4.2.1-OMPI3.1.4
ORCA 5.0.3 -> orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1
-----
DAFTARMODUL

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
 
# Menyimpan full PATH orca dengan which
RUN_ORCA=$(which orca)

# Perintah menjakankan ORCA (harus dengan full PATH)
${RUN_ORCA} ${INPUT_FILE}