R: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) k (WilsonLisan memindahkan halaman R menggunakan Job Composer ke R menimpa pengalihan lama tanpa membuat pengalihan: Menyatukan R batch dan interactive) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (placeholder untuk rewrite) |
||
Baris 3: | Baris 3: | ||
R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang ''data science''. Software R didukung oleh [https://www.r-project.org/ '''The R Foundation for Statistical Computing''']. | R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang ''data science''. Software R didukung oleh [https://www.r-project.org/ '''The R Foundation for Statistical Computing''']. | ||
== ''' | == '''Modul R''' == | ||
Berikut adalah detail versi R yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer: | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
!Versi | |+Modul R | ||
!Dukungan MPI | ! rowspan="2" |Versi | ||
! rowspan="2" |Nama modul | |||
! rowspan="2" |Modul | |||
DEFAULT | |||
! colspan="4" |Dukungan hardware | |||
|- | |||
!CPU | |||
!GPU | |||
!OMP | |||
Threading | |||
!MPI | |||
multi-node | |||
|- | |- | ||
|4.1.0 "Camp Pontanezen" | |4.1.0 "Camp Pontanezen" | ||
| rowspan="2" | | |R/4.1.0-GCC10-MKL | ||
| - | |||
|V | |||
| - | |||
| - | |||
| rowspan="2" |V melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI'''] | |||
|- | |- | ||
|4.1.2 "Bird Hippie" | |4.1.2 "Bird Hippie" | ||
|R/4.1.2-GCC10-MKL | |||
|V | |||
|V | |||
| - | |||
| - | |||
|} | |} | ||
=='''R di | |||
ALELEON Supercomputer | == '''Alternatif Menjalankan R di ALELEON Supercomputer''' == | ||
{| class="wikitable | ALELEON Supercomputer menawarkan user untuk menjalankan R dengan skema '''''batch job''''' melalui job submission di scheduler atau '''''interaktif''''' melalui sesi Jupyter Notebook / Lab dengan detail penjelasan berikut: | ||
!Menjalankan R di | {| class="wikitable" | ||
!Menjalankan R secara batch job VS interaktif di ALELEON Supercomputer | |||
|- | |- | ||
|''' | |'''Menjalankan R secara batch job:''' | ||
* Untuk file R siap jalan. | * Untuk menjalankan file R siap jalan melalui scheduler dengan skema [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via EFIRO#3A%20-%20Menjalankan%20Komputasi%20ke%20Compute%20Node%20via%20Job%20Composer|'''EFIRO Job Composer''']] (tampilan GUI via EFIRO) atau [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal#3%20-%20Menjalankan%20Komputasi%20ke%20Compute%20Node%20via%20SLURM|'''SLURM sbatch via Terminal''']]. | ||
* Berjalan di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Hardware:_Compute_Node '''Compute Node'''] dengan alokasi hardware besar. | * Berjalan di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#Spesifikasi_Hardware:_Compute_Node '''Compute Node'''] dengan alokasi hardware besar. | ||
|- | |- | ||
Baris 43: | Baris 63: | ||
|'''1''' | |'''1''' | ||
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''' | |Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''' | ||
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al= | [[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=]] | ||
|- | |- | ||
|'''2''' | |'''2''' | ||
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>''' | |Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>''' | ||
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px | [[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px]] | ||
|- | |- | ||
|'''3''' | |'''3''' | ||
| | | | ||
==='''Memilih Template R'''=== | ==='''Memilih Template R'''=== | ||
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template R yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>. | [[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template R yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.]] | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+Template R | |+Template R | ||
Baris 74: | Baris 94: | ||
| | | | ||
===Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job=== | ===Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job=== | ||
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px | [[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]] | ||
* Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.''' | * Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.''' | ||
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file. | **Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file. | ||
Baris 88: | Baris 108: | ||
| | | | ||
==='''Melengkapi Submit Script Template'''=== | ==='''Melengkapi Submit Script Template'''=== | ||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px | [[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]] | ||
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////). | Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////). | ||
Baris 110: | Baris 130: | ||
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''. | Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''. | ||
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px | [[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]] | ||
|- | |- | ||
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':''' | |Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':''' | ||
Baris 138: | Baris 158: | ||
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''. | Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''. | ||
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px | [[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]] | ||
|- | |- | ||
|'''8''' | |'''8''' | ||
| | | | ||
==='''Melihat hasil job yang selesai'''=== | ==='''Melihat hasil job yang selesai'''=== | ||
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[ | Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]] | ||
|- | |- | ||
| rowspan="2" |'''9''' | | rowspan="2" |'''9''' | ||
Baris 162: | Baris 182: | ||
|'''1''' | |'''1''' | ||
|Buka terminal melalui dashboard EFIRO menu Clusters > Aleleon Shell Access. | |Buka terminal melalui dashboard EFIRO menu Clusters > Aleleon Shell Access. | ||
[[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|200x200px | [[Berkas:Shellaccess.png|nirbing|200x200px]] | ||
|- | |- | ||
|'''2''' | |'''2''' |
Revisi per 11 Mei 2023 10.13
R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang data science. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.
Modul R
Berikut adalah detail versi R yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
4.1.0 "Camp Pontanezen" | R/4.1.0-GCC10-MKL | - | V | - | - | V melalui RMPI |
4.1.2 "Bird Hippie" | R/4.1.2-GCC10-MKL | V | V | - | - |
Alternatif Menjalankan R di ALELEON Supercomputer
ALELEON Supercomputer menawarkan user untuk menjalankan R dengan skema batch job melalui job submission di scheduler atau interaktif melalui sesi Jupyter Notebook / Lab dengan detail penjelasan berikut:
Menjalankan R secara batch job VS interaktif di ALELEON Supercomputer |
---|
Menjalankan R secara batch job:
|
Melalui interaktif Jupyter Notebook:
|
Saran admin:
|
Halaman ini untuk menjalankan R via Job Composer. Apabila ingin menjalankan R via interaktif Jupyter Notebook, klik:
R menggunakan Jupyter Notebook |
Menjalankan R di Job Composer
1 | Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
| |||||||||||
2 | Pilih New Jobs > From Template
| |||||||||||
3 |
Memilih Template R
| |||||||||||
4 |
Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job
| |||||||||||
Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB. | ||||||||||||
5 |
Apabila Membutuhkan Instalasi Library RLihat bagian Instalasi Library Package R | |||||||||||
6A |
Melengkapi Submit Script TemplateMelalui
| |||||||||||
6B |
Panduan lengkap mengisi Submit Script: | |||||||||||
Fitur MPI pada RMPIRMPI menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
| ||||||||||||
7 |
Menjalankan JobJalankan job dengan klik tombol | |||||||||||
Berikut penjelasan kolom Status , pantau dengan refresh halaman job:
| ||||||||||||
Stop atau Cancel JobUntuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop. | ||||||||||||
8 |
Melihat hasil job yang selesaiHasil output job dapat dilihat pada kolomFolder Contents atau membuka halaman Edit Pages .
| |||||||||||
9 |
Job yang tidak berjalan karena missing PackageTerkadang job akan gagal berjalan karena ada package yang belum terinstal.
| |||||||||||
Submit Ulang JobUser dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol |
Instalasi Library Package R
User dapat melakukan instalasi mandiri package library R secara mandiri.
1 | Buka terminal melalui dashboard EFIRO menu Clusters > Aleleon Shell Access. | ||||||
2 | Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
Perlu diperhatikan bahwa package R yang diinstal di versi 4.1.2 misalnya tidak dapat digunakan oleh R versi lainnya dan sebaliknya. | ||||||
3 | Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:
$ R > install.packages('nama-package-yang-akan-diinstal') Package akan terinstal di direktori HOME user. |
Melakukan Instalasi Package R pertama kali
3B | Akan terdapat peringatan bahwa user tidak dapat melakukan instalasi package R di direktori global /work (di mana benar karena hanya user root yang dapat melakukannya), jawab yes.
Warning in install.packages("benchmarkme") : 'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes |
3C | R akan meminta izin untuk menginstal package R di direktori HOME user dan membuat folder bernama R. Jawab yes.
Would you like to create a personal library ‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’ to install packages into? (yes/No/cancel) yes |
Bantuan admin EFISON untuk instalasi Package R
- Perlu diketahui bahwa terdapat Package R yang cukup sulit diinstal dari membutuhkan depedencies package R lain hingga library global.
- Apabila terdapat kesulitan instalasi package R, hubungi admin EFISON via permohonan email ke support@efisonlt.com.
Kontributor
EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:
- Tim Sadasa Academy.