R
R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang data science. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.
Wololo w00t!
Halaman ini masih sedang dalam proses penulisan dan belum final!
Modul R
Berikut adalah detail versi R yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
4.1.0 "Camp Pontanezen" | R/4.1.0-GCC10-MKL | - | V | - | - | V melalui RMPI |
4.1.2 "Bird Hippie" | R/4.1.2-GCC10-MKL | V | V | - | - |
Alternatif Menjalankan R di ALELEON Supercomputer
ALELEON Supercomputer menawarkan user untuk menjalankan R dengan skema job submission melalui scheduler atau interaktif melalui sesi Jupyter Notebook / Lab dengan detail penjelasan berikut:
Menjalankan R melalui Job Submission
|
Menjalankan R dengan sesi interaktif Jupyter
|
Instalasi Library Package R
Instalasi library R pada ALELEON Supercomputer dapat dilakukan dengan alternatif cara:
- Melayangkan permintaan instalasi package ke admin melalui email support@efisonlt.com; atau
- Melakukan instalasi mandiri dengan langkah berikut:
0A | Instalasi package dilakukan melalui terminal. | ||||||
0B | Bagi user EFIRO, buka terminal melalui dashboard EFIRO menu Clusters > Aleleon Shell Access. | ||||||
1 | Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
Perlu diperhatikan bahwa package R yang diinstal di versi 4.1.2 misalnya tidak dapat digunakan oleh R versi lainnya dan sebaliknya. | ||||||
2 | Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:
$ R > install.packages('nama-package-yang-akan-diinstal') Package akan terinstal di direktori HOME user. | ||||||
X | Bagi user yang pertama kali melakukan instalasi package R:
Akan terdapat peringatan bahwa user tidak dapat melakukan instalasi package R di direktori global /work (di mana benar karena hanya user root yang dapat melakukannya), jawab yes. Warning in install.packages("benchmarkme") : 'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes R akan meminta izin untuk menginstal package R di direktori HOME user dan membuat folder bernama R. Jawab yes. Would you like to create a personal library ‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’ to install packages into? (yes/No/cancel) yes |
Menjalankan R Melalui Job Submission
coming soon!
Menjalankan R dengan Sesi Interaktif Jupyter
Terdapat 2 langkah besar untuk menjalankan R melalui sesi interaktif Jupyter yaitu:
- Login ke EFIRO karena fitur ini hanya bisa diakses melalui EFIRO.
- Melakukan instalasi package IRKernel pada direktori HOME masing-masing user.
- Mengisi formulir sesi interaktif Jupyter Notebook atau Lab.
Instalasi Package IRKernel
Berikut adalah langkah untuk instalasi package IRKernel pada masing-masing user:
0A | Instalasi package dilakukan melalui terminal. | ||||||
0B | Bagi user EFIRO, buka terminal melalui dashboard EFIRO menu Clusters > Aleleon Shell Access. | ||||||
1 | Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
Perlu diperhatikan bahwa package R yang diinstal di versi 4.1.2 misalnya tidak dapat digunakan oleh R versi lainnya dan sebaliknya. | ||||||
2 | Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:
$ R > install.packages('IRKernel') > q() | ||||||
3 | Buat file R profile di direktori HOME user:
$ nano ~/.Rprofile Masukkan script berikut, kemudian save and exit dengan ctrl+x diikuti input y dan enter. options(bitmapType='cairo') |
Memulai Sesi Jupyter
Berikut adalah langkah untuk memulai sesi Jupyter dan menggunakan kernel R didalamnya:
1 | Buka menu Interactive Apps kemudian user bebas memilih menggunakan Jupyter Notebook atau Lab. | ||||||
2 | Isi formulir sesi Jupyter dengan panduan berikut:
| ||||||
3 | Apabila formulir sudah terisi, klik tombol Launch untuk memulai sesi Jupyter Notebook. User akan diarahkan ke halaman My Interactive Sessions. Tunggu hingga sesi Jupyter Notebook user siap diakses.
| ||||||
4 | Apabila status menunjukkan Running atau kolom berwarna hijau, klik Connect to Jupyter . Perlu diperhatikan bahwa sistem mulai menghitung Kredit Core Hour saat status Jupyter menunjukkan running.
| ||||||
5 | Pilih kernel R untuk memulai sesi notebook R. |
Kontributor
EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:
- Tim Sadasa Academy.