Quantum ESPRESSO: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
Baris 210: Baris 210:
===Job Submission Web EFIRO===
===Job Submission Web EFIRO===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah Job Submission Terminal
!Langkah Job Submission Web EFIRO
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|tepi|400x400px]]
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]]
|-
|-
!1
!1
|-
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|-
|-
! 2
! 2
|-
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
|Buka pinned apps '''Job Composer''' [[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]] di homepage EFIRO.
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
 
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
|-
|-
!3A
!3
|-
|-
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
|
*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Pilih template PHASE/0 yang diinginkan
|-
|-
!
!Nama Template
!Penjelasan
|-
|-
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
|PHASE/0 2023.01
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
|Menjalankan PHASE/0 2023.01
!Template Quantum ESPRESSO
|-
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
|PHASE/0 2023.01 ekcal
#!/bin/bash
|Menjalankan PHASE/0 2023.01 dengan ekcal
|}Kemudian Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''


# -----------------------------------------------------
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
# Template SLURM Submit Script
|-
# Quantum ESPRESSO | rev.080124
!4
#
|-
# NOTES:
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
[[Berkas:Jcjoboption.png|nirbing|400x400px]]
# 2. Template ini bersifat referensi.
* Upload file melalui menu '''<code>Edit Files</code>'''
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
# -----------------------------------------------------
|-
 
!5A
# -----------------------------------------------------
|-
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor</code>'''.
# -----------------------------------------------------
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
 
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
# Alokasi jumlah core thread CPU
*Ikuti petunjuk NOTES didalamnya
#SBATCH --ntasks=////
*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Nama input file Quantum ESPRESSO yang dijalankan
INPUT_FILE="////.in"
 
# Memuat modul software Quantum ESPRESSO
# Daftar modul lihat subbab "Modul Quantum ESPRESSO" di atas
module load qe////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Perintah menjakankan Quantum ESPERESSO
# Kondisi khusus dimana 1 node -> mpirun tanpa UCX
# 2 node -> mpirun dengan UCX
 
if [ $SLURM_NNODES -eq 1 ]
then
echo "Terdeteksi running QE dengan 1 node"
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} pw.x -input ${INPUT_FILE}
elif [ $SLURM_NNODES -gt 1 ]
then
echo "Terdeteksi running QE dengan 2 node"
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input ${INPUT_FILE}
fi
</syntaxhighlight>
|}
|-
|-
!
!
|-
|-
|*''Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].''
|
*''Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].''
*''Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].''
*''Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].''
|-
|-
!3B
!5B
|-
|-
| '''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut pada terminal:
  '''$ slimit-mpi'''  
  '''$ slimit-mpi'''
|-
!4
|-
|-
|Jalankan job komputasi dengan perintah:
!6
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
''Contoh:''
$ sbatch submit.sh
|-
|-
!5
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
|-
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|400x400px]]
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
*Job completed dapat dijalankan kembali dengan '''<code>Submit</code>'''.
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
! colspan="2" |Daftar ST (STATE) menunjukkan status jalannya job:
! colspan="2" |Daftar status job:
|-
|-
!STATE
!Status
!Penjelasan
!Arti
|-
|-
| R (RUN)
|Not Submitted
|Job berjalan
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|-
|PD (PENDING)
|Running
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|Job berjalan.
|-
|-
|CG (COMPLETING)
|Queue
|Job selesai dan dalam proses clean-up
|Job mengantri dan belum berjalan.
|-
|-
|CA (CANCELED)
|Completed
|Job dibatalkan user
|Job selesai berjalan.
|-
|-
|PR (PREEMPETED)
| Failed
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
|-
|-
|S (SUSPENDED)
| colspan="2" |'''Untuk melihat alasan queue:'''
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
#Buka app '''<code>Active Jobs</code>''' [[Berkas:Pinnedapps activejobs.png|nirbing|127x127px]]di homepage EFIRO.
#[[Berkas:Efiroqueueedit.png|nir|jmpl|''Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].''''']]
|}
|}
|-
|-
!
!7
|-
|-
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
'''$ scancel ''[job-ID]'''''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
''Job ID ada pada squeue diatas.''
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
|}
|}
== '''Pelaporan Kendala dan Support''' ==
== '''Pelaporan Kendala dan Support''' ==

Revisi per 4 Juni 2024 17.38

Quantum ogo ok.png

Quantum ESPRESSO adalah framework suite untuk kalkulasi electronic-structure dan modeling material berdasarkan density-functional theory (DFT), plane waves, dan pseudopotentials.

Modul Quantum ESPRESSO

Berikut adalah detail versi Quantum ESPRESSO yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul Quantum ESPRESSO
Versi Nama modul Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

6.7 qe/6.7-GCC10-MKL-LibM V - - V
6.8 qe/6.8-GCC10-MKL-LibM V - - V
7.1 qe/7.1-GCC11.3-AOCL4.0-ELPA2022.05-Libxc6.1.0 V - - V

Info Perubahan Menjalankan Quantum ESPRESSO

Terdapat perubahan sintaks MPI menjalankan Quantum ESPRESSO berdasarkan update Slurm ALELEON Supercomputer pada maintenance 7-12 Januari 2024 yaitu:

  • Menggunakan mpirun biasa untuk menjalankan QE satu node.
  • Menggunakan mpirun dengan sintaks UCX untuk menjalankan QE multi-node

Perubahan ini telah diupdate pada tutorial template SLURM Submit Script dan Template Job Composer untuk Quantum ESPRESSO dengan skema sintaks MPI berikut:

...

if [ $SLURM_NNODES -eq 1 ]
then
	echo "Terdeteksi running QE dengan 1 node"
	mpirun -np ${SLURM_NTASKS} pw.x -input ${INPUT_FILE}
elif [ $SLURM_NNODES -gt 1 ]
then
	echo "Terdeteksi running QE dengan ${SLURM_NNODES} node"
	mpirun -np ${SLURM_NTASKS} --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input ${INPUT_FILE}
fi

Metode Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:

  • Job submission terminal
  • Job submission web EFIRO
    • Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

Sbatch Terminal.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Template Quantum ESPRESSO 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Quantum ESPRESSO | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file Quantum ESPRESSO yang dijalankan
INPUT_FILE="////.in"

# Memuat modul software Quantum ESPRESSO
# Daftar modul lihat subbab "Modul Quantum ESPRESSO" di atas 
module load qe////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan Quantum ESPERESSO
# Kondisi khusus dimana 1 node -> mpirun tanpa UCX
# 2 node -> mpirun dengan UCX

if [ $SLURM_NNODES -eq 1 ]
then
	echo "Terdeteksi running QE dengan 1 node"
	mpirun -np ${SLURM_NTASKS} pw.x -input ${INPUT_FILE}
elif [ $SLURM_NNODES -gt 1 ]
then
	echo "Terdeteksi running QE dengan 2 node"
	mpirun -np ${SLURM_NTASKS} --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input ${INPUT_FILE}
fi
*Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-mpi
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Daftar ST (STATE) menunjukkan status jalannya job:
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

Efirojobcomposer3.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
Buka pinned apps Job Composer New Pinnedapps jc.png di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template PHASE/0 yang diinginkan
Nama Template Penjelasan
PHASE/0 2023.01 Menjalankan PHASE/0 2023.01
PHASE/0 2023.01 ekcal Menjalankan PHASE/0 2023.01 dengan ekcal
Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.

Jcjoboption.png

  • Upload file melalui menu Edit Files
5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor.

  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya
  • Klik Save setiap kali mengubah script.
5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut pada terminal: 

$ slimit-mpi
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.

  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.
  • Job completed dapat dijalankan kembali dengan Submit.
Daftar status job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
Untuk melihat alasan queue:
  1. Buka app Active Jobs Pinnedapps activejobs.pngdi homepage EFIRO.
  2. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents*Atau dengan membuka Edit Files
Kolom Folder Contents.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Quantum_ESPRESSO&oldid=1540"