Quantum ESPRESSO: Perbedaan antara revisi

Revisi per 22 Juli 2024 08.56

Quantum ESPRESSO adalah framework suite untuk kalkulasi electronic-structure dan modeling material berdasarkan density-functional theory (DFT), plane waves, dan pseudopotentials.

Modul Quantum ESPRESSO

Berikut adalah detail versi Quantum ESPRESSO yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul Quantum ESPRESSO
Versi	Nama modul	Dukungan hardware
Versi	Nama modul	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
6.7	qe/6.7-GCC10-MKL-LibM	V	-	-	V
6.8	qe/6.8-GCC10-MKL-LibM	V	-	-	V
7.1	qe/7.1-GCC11.3-AOCL4.0-ELPA2022.05-Libxc6.1.0	V	-	-	V

Info Perubahan Menjalankan Quantum ESPRESSO

Terdapat perubahan sintaks MPI menjalankan Quantum ESPRESSO berdasarkan update Slurm ALELEON Supercomputer pada maintenance 7-12 Januari 2024 yaitu:

Menggunakan mpirun biasa untuk menjalankan QE satu node.
Menggunakan mpirun dengan sintaks UCX untuk menjalankan QE multi-node

Perubahan ini telah diupdate pada tutorial template SLURM Submit Script dan Template Job Composer untuk Quantum ESPRESSO dengan skema sintaks MPI berikut:

...

if [ $SLURM_NNODES -eq 1 ]
then
	echo "Terdeteksi running QE dengan 1 node"
	mpirun -np ${SLURM_NTASKS} pw.x -input ${INPUT_FILE}
elif [ $SLURM_NNODES -gt 1 ]
then
	echo "Terdeteksi running QE dengan ${SLURM_NNODES} node"
	mpirun -np ${SLURM_NTASKS} --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input ${INPUT_FILE}
fi

Metode Menjalankan Komputasi

User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan:

Job submission terminal
- Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm.
Job submission web EFIRO
- Berjalan di compute node melalui manajemen Slurm via web EFIRO.

Job Submission Terminal

Langkah Job Submission Terminal

1

Login SSH ke ALELEON Supercomputer.

2

Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.

User dapat upload / download file dengan software FTP.

3A

Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.

Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh

Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.

Klik expand / kembangkan

Template Submit Script Quantum ESPRESSO

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Quantum ESPRESSO | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file Quantum ESPRESSO yang dijalankan
INPUT_FILE="////.in"

# Memuat modul software Quantum ESPRESSO
# Daftar modul lihat subbab "Modul Quantum ESPRESSO" di atas 
module load qe////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan Quantum ESPERESSO
# Kondisi khusus dimana 1 node -> mpirun tanpa UCX
# 2 node -> mpirun dengan UCX

if [ $SLURM_NNODES -eq 1 ]
then
	echo "Terdeteksi running QE dengan 1 node"
	mpirun -np ${SLURM_NTASKS} pw.x -input ${INPUT_FILE}
elif [ $SLURM_NNODES -gt 1 ]
then
	echo "Terdeteksi running QE dengan 2 node"
	mpirun -np ${SLURM_NTASKS} --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input ${INPUT_FILE}
fi

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.

Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.

3B

SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:

Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:

$ slimit-mpi

4

Jalankan job komputasi dengan perintah:

$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh

5

User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE	Penjelasan
R (RUN)	Job berjalan
PD (PENDING)	Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING)	Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED)	Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED)	Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED)	Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email

Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:

$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231

Job Submission Web EFIRO

Langkah Job Submission Web EFIRO

1

Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.

2

Buka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

3

Pilih template Quantum ESPRESSO yang diinginkan:
Nama Template	Penjelasan
Quantum ESPRESSO 6.7	Menjalankan Quantum ESPRESSO 6.7
Quantum ESPRESSO 6.8	Menjalankan Quantum ESPRESSO 6.8
Quantum ESPRESSO 7.1	Menjalankan Quantum ESPRESSO 7.1

Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

4

Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:

Upload / download / edit file via menu Edit Files
- Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan software FTP.

5A

Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:

Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
- Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
Klik Save setiap kali mengubah script.

Info script lebih detail lihat Submit Script ALELEON Supercomputer.
Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.

5B

SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:

Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut pada terminal:

$ slimit-mpi

6

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar status job:
Status	Arti
Not Submitted	Job belum pernah dijalankan.
Running	Job berjalan.
Queue	Job mengantri dan belum berjalan.
Completed	Job selesai berjalan.
Failed	Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue: Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.

7

Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

Atau dengan membuka Edit Files

Kolom Folder Contents.

8

Untuk menghapus ruang job dan datanya:

Pilih ruang job yang akan dihapus.
Klik menu Delete

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com

@@ Baris 88: / Baris 88: @@
 *''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
 {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
-!Template Quantum ESPRESSO
+!Template Submit Script Quantum ESPRESSO
 |-
 |<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
@@ Baris 220: / Baris 220: @@
 ! 2
 |-
-|Buka pinned apps '''Job Composer''' [[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]] di homepage EFIRO.
+|[[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer'''  di homepage EFIRO.
 Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
@@ Baris 229: / Baris 229: @@
 |
 {| class="wikitable"
-! colspan="2" |Pilih template Quantum ESPRESSO yang diinginkan
+! colspan="2" |Pilih template Quantum ESPRESSO yang diinginkan:
 |-
 !Nama Template
@@ Baris 248: / Baris 248: @@
 !4
 |-
-|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
+|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
-[[Berkas:Jcjoboption.png|nirbing|400x400px]]
+*Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
-* Upload file melalui menu '''<code>Edit Files</code>'''
 **Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
+[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
 |-
 !5A
 |-
-|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor</code>'''.
+|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor:</code>'''
+*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
+**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
+* Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
 [[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
-*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
-*Ikuti petunjuk NOTES didalamnya
-*Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
-|-
-!
 |-
 |
-*''Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].''
+*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
-*''Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].''
+*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
 |-
 !5B
@@ Baris 278: / Baris 276: @@
 |-
 |Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
-[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|400x400px]]
 *Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
 *Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
-*Job completed dapat dijalankan kembali dengan '''<code>Submit</code>'''.
+[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|500x500px]]
 {| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
 ! colspan="2" |Daftar status job:
@@ Baris 301: / Baris 298: @@
 |-
 | Failed
-|Job berhenti di tengah jalan, antara error atau di stop user
+|Job berhenti karena error atau di stop user.
 |-
-| colspan="2" |'''Untuk melihat alasan queue:'''
+| colspan="2" |'''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
-#Buka app '''<code>Active Jobs</code>''' [[Berkas:Pinnedapps activejobs.png|nirbing|127x127px]]di homepage EFIRO.
-#[[Berkas:Efiroqueueedit.png|nir|jmpl|''Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].''''']]
 |}
 |-
@@ Baris 313: / Baris 308: @@
 * Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
 [[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
+|-
+!8
+|-
+|Untuk menghapus ruang job dan datanya:
+*Pilih ruang job yang akan dihapus.
+*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
+[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|500x500px]]
 |}
 == '''Pelaporan Kendala dan Support''' ==

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas