Quantum ESPRESSO: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎Modul Quantum ESPRESSO: menambah versi 7.1)
(→‎Batch Job: paraphrasing)
 
(14 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 5: Baris 5:
Berikut adalah detail versi Quantum ESPRESSO yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Berikut adalah detail versi Quantum ESPRESSO yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Modul Quantum ESPRESSO
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" |Nama modul  
! rowspan="2" |Nama modul  
! rowspan="2" | Modul
DEFAULT
! colspan="4" |Dukungan hardware  
! colspan="4" |Dukungan hardware  
|-
|-
Baris 19: Baris 18:
|-
|-
|6.7  
|6.7  
|qe/6.7-GCC10-MKL-LibM
|<code>qe/6.7-GCC10-MKL-LibM</code>
| -
|V
|V
| -
| -
Baris 27: Baris 25:
|-
|-
|6.8
|6.8
|qe/6.8-GCC10-MKL-LibM
|<code>qe/6.8-GCC10-MKL-LibM</code>
| -
|V
|V
| -
| -
Baris 35: Baris 32:
|-
|-
|7.1
|7.1
|qe/7.1-GCC11.3-AOCL4.0-ELPA2022.05-Libxc6.1.0
|<code>qe/7.1-GCC11.3-AOCL4.0-ELPA2022.05-Libxc6.1.0</code>
|V
|V
| -
| -
|V
|-
|7.4
|<code>qe/7.4-GCC13.2-AOCL5.0-ELPA2024.05-Libxc7.0.0</code>
|V
|V
| -
| -
Baris 42: Baris 45:
|V
|V
|}
|}
=='''Menjalankan Quantum ESPRESSO'''==
Hubungi admin melalui '''support@efisonlt.com''' apabila membutuhkan instalasi versi lain.
User dapat menjalankan Quantum ESPRESSO dengan pilihan cara menjalankan komputasi:
 
===[[Menggunakan ALELEON Supercomputer via EFIRO#3A%20-%20Menjalankan%20Komputasi%20ke%20Compute%20Node%20via%20Job%20Composer|EFIRO Job Composer]]===
== '''Info Perubahan Menjalankan Quantum ESPRESSO''' ==
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer. Berikut adalah pilihan template Quantum ESPRESSO yang tersedia:
Terdapat perubahan sintaks MPI menjalankan Quantum ESPRESSO berdasarkan update Slurm ALELEON Supercomputer pada maintenance 7-12 Januari 2024 yaitu:
 
* Menggunakan mpirun biasa untuk menjalankan QE satu node.
* Menggunakan mpirun dengan sintaks UCX untuk menjalankan QE multi-node
 
'''Perubahan ini telah diupdate pada tutorial template SLURM Submit Script dan Template Job Composer untuk Quantum ESPRESSO dengan skema sintaks MPI berikut:'''<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
...
 
if [ $SLURM_NNODES -eq 1 ]
then
echo "Terdeteksi running QE dengan 1 node"
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} pw.x -input ${INPUT_FILE}
elif [ $SLURM_NNODES -gt 1 ]
then
echo "Terdeteksi running QE dengan ${SLURM_NNODES} node"
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input ${INPUT_FILE}
fi
</syntaxhighlight>
=='''Metode Menjalankan Komputasi'''==
User dapat menjalankan Quantum ESPRESSO dengan pilihan metode:
===Batch Job===
Menjalankan komputasi siap jalan ke [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm kemudian user menunggu hingga selesai.
 
* Terdapat dua opsi tampilan yang dapat dipilih sesuai preferensi user: ''<small>(klik expand atau kembangkan)</small>''
 
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Menggunakan Terminal
[[Berkas:Sbatch terminal display rev2.png|tepi|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
|-
! 2
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
|-
!3A
|-
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
|-
!
|-
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
*''<small>Klik expand / kembangkan</small>''
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template Submit Script Quantum ESPRESSO
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash
 
# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Quantum ESPRESSO | rev.080124
#
# NOTES:
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------
 
# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------
 
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
 
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
 
# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
 
# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt
 
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
 
# Nama input file Quantum ESPRESSO yang dijalankan
INPUT_FILE="////.in"
 
# Memuat modul software Quantum ESPRESSO
# Daftar modul lihat subbab "Modul Quantum ESPRESSO" di atas
module load qe////
 
# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------
 
# Perintah menjakankan Quantum ESPERESSO
# Kondisi khusus dimana 1 node -> mpirun tanpa UCX
# 2 node -> mpirun dengan UCX
 
if [ $SLURM_NNODES -eq 1 ]
then
echo "Terdeteksi running QE dengan 1 node"
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} pw.x -input ${INPUT_FILE}
elif [ $SLURM_NNODES -gt 1 ]
then
echo "Terdeteksi running QE dengan 2 node"
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input ${INPUT_FILE}
fi
</syntaxhighlight>
|}
|-
|
* ''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
 
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
!3B
|-
| '''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
'''$ slimit-mpi'''
|-
!4
|-
|Jalankan job komputasi dengan perintah:
$ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
''Contoh:''
$ sbatch submit.sh
|-
!5
|-
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
{| class="wikitable"
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
|-
!STATE
!Penjelasan
|-
| R (RUN)
|Job berjalan
|-
|PD (PENDING)
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|CG (COMPLETING)
|Job selesai dan dalam proses clean-up
|-
|CA (CANCELED)
|Job dibatalkan user
|-
|PR (PREEMPETED)
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|-
|S (SUSPENDED)
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
|}
|-
!
|-
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
'''$ scancel ''[job-ID]'''''
''Job ID ada pada squeue diatas.''
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
|}
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Menggunakan Portal Web EFIRO
[[Berkas:Efiro jobcomposer display.png|nirbing|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|-
! 2
|-
|[[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer'''  di homepage EFIRO.
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''
 
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
|-
!3
|-
|
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! Nama Template
! colspan="2" |Pilih template Quantum ESPRESSO yang diinginkan:
|-
!Nama Template
!Penjelasan
!Penjelasan
|-
|-
|Quantum ESPRESSO 6.7
|Quantum ESPRESSO 6.7
|Menjalankan Quantum ESPRESSO versi 6.7  
|Menjalankan Quantum ESPRESSO 6.7
|-
|-
| Quantum ESPRESSO 6.8
|Quantum ESPRESSO 6.8  
|Menjalankan Quantum ESPRESSO versi 6.8
|Menjalankan Quantum ESPRESSO 6.8
|-
|-
|Quantum ESPRESSO 7.1
|Quantum ESPRESSO 7.1
|Menjalankan Quantum ESPRESSO versi 7.1
|Menjalankan Quantum ESPRESSO 7.1
|-
|Quantum ESPRESSO 7.4
|Menjalankan Quantum ESPRESSO 7.4
|}Kemudian Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''
 
[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
|-
!4
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
*Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
|-
!5A
|-
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor:</code>'''
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
* Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
|-
|
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
!5B
|-
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut pada terminal:
'''$ slimit-mpi'''
|-
!6
|-
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|500x500px]]
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Daftar status job:
|-
!Status
!Arti
|-
|Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|Running
|Job berjalan.
|-
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|-
|Completed
|Job selesai berjalan.
|-
| Failed
|Job berhenti karena error atau di stop user.
|-
| colspan="2" |'''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
|}
|}
===[[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal#3%20-%20Menjalankan%20Komputasi%20ke%20Compute%20Node%20via%20SLURM|SLURM sbatch via Terminal]]===
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan Quantum ESPRESSO. Perhatikan nama modul mengacu versi Quantum ESPRESSO yang akan digunakan.
{| class="wikitable"
! Contoh SLURM Submit Script Quantum ESPESSO
|-
|-
|
!7
#!/bin/bash
|-
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
# ------------------------------------------------------------------------
* Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
# | Template SLURM Submit Script
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
# | Software        : Quantum ESPRESSO
|-
# | Versi          : tergantung input user
!8
# | Update script  r: 13/03/2023
|-
# |
|Untuk menghapus ruang job dan datanya:
# | NOTES:  
*Pilih ruang job yang akan dihapus.
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|500x500px]]
# |    sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi
# |   ALELEON Supercomputer lihat:
# |   <nowiki>https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer</nowiki>
# ------------------------------------------------------------------------
# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------
# Alokasi jumlah compute node
#SBATCH --nodes=////
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job, format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
# Nama input file Quantum ESPRESSO dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.in'
# Memuat modul software Quantum ESPRESSO
module load qe////
# DAFTAR MODUL Quantum ESPRESSO:  
# --------------------------------------------------------------
# | Nama modul                                    | Versi QE  |
# --------------------------------------------------------------
# | qe/6.7-GCC10-MKL-LibM                        | 6.7        |
# | qe/6.7-GCC10-MKL-LibM                        | 6.8        |
# | qe/7.1-GCC11.3-AOCL4.0-ELPA2022.05-Libxc6.1.0 | 7.1        |
# --------------------------------------------------------------
# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
# Perintah menjakankan Quantum ESPERESSO
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input ${INPUT_FILE}
|}
|}
== '''Pelaporan Kendala dan Support''' ==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.


== '''Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email''' ==
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user '''untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai'''. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email '''Jojo''' untuk mengirim notifikasi email.


Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
---
#SBATCH --mail-user=<''alamat-email-user''>
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end


* '''mail-user'''
Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
** Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
'''support@efisonlt.com'''
* '''mail-type=begin'''
** Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
* '''mail-type=end'''
** Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
** Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.

Revisi terkini sejak 13 Januari 2025 15.14

Quantum ogo ok.png

Quantum ESPRESSO adalah framework suite untuk kalkulasi electronic-structure dan modeling material berdasarkan density-functional theory (DFT), plane waves, dan pseudopotentials.

Modul Quantum ESPRESSO

Berikut adalah detail versi Quantum ESPRESSO yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul Quantum ESPRESSO
Versi Nama modul Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

6.7 qe/6.7-GCC10-MKL-LibM V - - V
6.8 qe/6.8-GCC10-MKL-LibM V - - V
7.1 qe/7.1-GCC11.3-AOCL4.0-ELPA2022.05-Libxc6.1.0 V - - V
7.4 qe/7.4-GCC13.2-AOCL5.0-ELPA2024.05-Libxc7.0.0 V - - V

Hubungi admin melalui support@efisonlt.com apabila membutuhkan instalasi versi lain.

Info Perubahan Menjalankan Quantum ESPRESSO

Terdapat perubahan sintaks MPI menjalankan Quantum ESPRESSO berdasarkan update Slurm ALELEON Supercomputer pada maintenance 7-12 Januari 2024 yaitu:

  • Menggunakan mpirun biasa untuk menjalankan QE satu node.
  • Menggunakan mpirun dengan sintaks UCX untuk menjalankan QE multi-node

Perubahan ini telah diupdate pada tutorial template SLURM Submit Script dan Template Job Composer untuk Quantum ESPRESSO dengan skema sintaks MPI berikut:

...

if [ $SLURM_NNODES -eq 1 ]
then
	echo "Terdeteksi running QE dengan 1 node"
	mpirun -np ${SLURM_NTASKS} pw.x -input ${INPUT_FILE}
elif [ $SLURM_NNODES -gt 1 ]
then
	echo "Terdeteksi running QE dengan ${SLURM_NNODES} node"
	mpirun -np ${SLURM_NTASKS} --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input ${INPUT_FILE}
fi

Metode Menjalankan Komputasi

User dapat menjalankan Quantum ESPRESSO dengan pilihan metode:

Batch Job

Menjalankan komputasi siap jalan ke compute node melalui manajemen Slurm kemudian user menunggu hingga selesai.

  • Terdapat dua opsi tampilan yang dapat dipilih sesuai preferensi user: (klik expand atau kembangkan)
Menggunakan Terminal

Sbatch terminal display rev2.png

1
Login SSH ke ALELEON Supercomputer.
2
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
3A
Buat Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
  • Nama file bebas dengan format .sh, contoh submit.sh
Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik expand / kembangkan
Template Submit Script Quantum ESPRESSO 
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# Quantum ESPRESSO | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file Quantum ESPRESSO yang dijalankan
INPUT_FILE="////.in"

# Memuat modul software Quantum ESPRESSO
# Daftar modul lihat subbab "Modul Quantum ESPRESSO" di atas 
module load qe////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan Quantum ESPERESSO
# Kondisi khusus dimana 1 node -> mpirun tanpa UCX
# 2 node -> mpirun dengan UCX

if [ $SLURM_NNODES -eq 1 ]
then
	echo "Terdeteksi running QE dengan 1 node"
	mpirun -np ${SLURM_NTASKS} pw.x -input ${INPUT_FILE}
elif [ $SLURM_NNODES -gt 1 ]
then
	echo "Terdeteksi running QE dengan 2 node"
	mpirun -np ${SLURM_NTASKS} --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input ${INPUT_FILE}
fi
  • Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat Slurm Jojo.
3B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut: 

$ slimit-mpi
4
Jalankan job komputasi dengan perintah: 
$ sbatch [nama-submit-script]

Contoh:
$ sbatch submit.sh
5
User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:

$ squeue -ul $USER

Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.
STATE Penjelasan
R (RUN) Job berjalan
PD (PENDING) Job tertahan, lihat NODELIST(REASON)
CG (COMPLETING) Job selesai dan dalam proses clean-up
CA (CANCELED) Job dibatalkan user
PR (PREEMPETED) Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
S (SUSPENDED) Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email
Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah: 
$ scancel [job-ID]

Job ID ada pada squeue diatas.
contoh membatalkan job ID 231:
$ scancel 231
Menggunakan Portal Web EFIRO

Efiro jobcomposer display.png

1
Login ke web EFIRO ALELEON Supercomputer.
2
New Pinnedapps jc.pngBuka pinned apps Job Composer di homepage EFIRO.

Pilih menu New Job -> From Template

Jcnewjobmarked.png

3
Pilih template Quantum ESPRESSO yang diinginkan:
Nama Template Penjelasan
Quantum ESPRESSO 6.7 Menjalankan Quantum ESPRESSO 6.7
Quantum ESPRESSO 6.8 Menjalankan Quantum ESPRESSO 6.8
Quantum ESPRESSO 7.1 Menjalankan Quantum ESPRESSO 7.1
Quantum ESPRESSO 7.4 Menjalankan Quantum ESPRESSO 7.4
Kemudian Isi Job Name dan klik Create New Job

Jctemplate-2.png

4
Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
  • Upload / download / edit file via menu Edit Files

JC job menu.png

5A
Lengkapi Submit Script melalui tombol Open Editor:
  • Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
    • Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
  • Klik Save setiap kali mengubah script.

5B
SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit berdasarkan:
  • Sisa Core Hour user dan Fair Usage Limit.
  • Spesifikasi sistem dan software komputasi.

Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut pada terminal: 

$ slimit-mpi
6
Jalankan job dengan klik tombol Submit.
  • Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
  • Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik Stop.

Daftar status job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti karena error atau di stop user.
Untuk melihat alasan job yang queue:
Buka pinned apps Active Jobs di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke Your Jobs. Klik simbol > untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
7
Lihat output file komputasi pada kolom Folder Contents
  • Atau dengan membuka Edit Files
Kolom Folder Contents.
8
Untuk menghapus ruang job dan datanya:
  • Pilih ruang job yang akan dihapus.
  • Klik menu Delete

JC delete menu.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Quantum_ESPRESSO&oldid=1754"