Tutorial Menggunakan ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎4 - Job Composer: Menjalankan Komputasi (Job Submission) di ALELEON Supercomputer: membuat langkah new template, manajemen file, perkenalan SLURM)
(paraphrasing)
 
(82 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
Halaman ini merangkum urutan tutorial penggunaan dan semua informasi teknis untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.  
Halaman ini menjelaskan tutorial dan info teknis untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.  


== '''Note dari Admin EFISON''' ==
== '''1 | Terhubung ke Jaringan VPN ALELEON Supercomputer''' ==
Halaman ini sedang dalam proses penulisan untuk menjabarkan tutorial menggunakan [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Spesifikasi_ALELEON_Supercomputer#EFIRO_OnDemand tampilan web EFIRO untuk mengakses ALELEON Supercomputer]. Bagi user baru atau lama  yang tertarik menggunakan EFIRO, admin melayani pendampingan secara daring (via Zoom atau Google Meet). Hubungi:
Kebijakan keamanan ALELEON Supercomputer mewajibkan user untuk login melalui koneksi VPN yang dibuat oleh EFISON.


'''support@efisonlt.com'''  
* Langkah membuat dan terhubung ke VPN ALELEON Supercomputer dijelaskan pada laman [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''Koneksi VPN ALELEON Supercomputer''']].


== '''Mengenalkan EFIRO OnDemand''' ==
=='''2 | Opsi Menggunakan ALELEON Supercomputer'''==
EFIRO OnDemand atau disingkat '''EFIRO''' adalah konsol tampilan grafis (GUI) untuk menggunakan ALELEON Supercomputer yang dapat diakses melalui web browser. EFIRO dapat menjalankan fungsi esensial dalam menggunakan superkomputer dimulai dari manajemen data hingga menjalankan komputasi (job submission) pada ALELEON Supercomputer.
ALELEON Supercomputer memberikan dua opsi login dan penggunaan yaitu:  
[[Berkas:Efirodashboard.png|nir|jmpl|800x800px|'''Tampilan dashboard EFIRO''' ]]
|


=== ''Doing the old way?'' Login SSH dan Terminal Linux '''ALELEON Supercomputer''' ===
* Penggunaan via terminal dan login SSH.
ALELEON Supercomputer '''tetap membuka akses login SSH''' untuk user yang memilih tampilan terminal Linux atau berpengalaman menggunakan superkomputer. EFISON menyediakan [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal|'''tutorial terpisah untuk menggunakan ALELEON Supercomputer melalui terminal''']].  
* Penggunaan tampilan grafis via web service EFIRO'''.'''
{| class="wikitable"
|+Silahkan pilih cara menggunakan ALELEON Supercomputer sesuai preferensi user:
!
=== [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal|MENGGUNAKAN ALELEON Supercomputer via TERMINAL]] ===
[[Berkas:Efiroshell.png|nirbing]]


== '''1 - Koneksi VPN ALELEON Supercomputer''' ==
''100% tradisional: CLI dan Linux all the way!''
Langkah pertama untuk mengakses ALELEON Supercomputer adalah [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''menghubungkan perangkat user ke koneksi VPN ALELEON Supercomputer''']] demi keamanan jaringan dan data user selama mengakses ALELEON Supercomputer.
|-
!
=== [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via EFIRO|MENGGUNAKAN ALELEON Supercomputer via web service EFIRO]] ===
[[Berkas:Efirodashboardshort2.png|900x900px]]
 
''Dengan fitur eksklusif: Job composer, sesi interaktif Jupyter Notebook / Lab, dan virtual desktop ALELEON Desktop.''
|}
{{DEFAULTSORT:tutorial}}


== '''2 - Login''' '''EFIRO''' ==
== '''3 | Support dan Laporan Kendala Penggunaan''' ==
User mengakses EFIRO melalui alamat:
Apabila membutuhkan layanan support dan menjumpai masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
'''http://efisonlt.ood'''
Kemudian masukkan '''username dan password user''' '''ALELEON Supercomputer'''.


== '''3 - Selamat Datang di Dashboard EFIRO''' ==
[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
Setelah login, user masuk ke dalam dashboard EFIRO yang menjadi ''central hub'' bagi user untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.  


[[Berkas:Efiromenubarbig.png|al=|1056x1056px]]
== '''Info Cepat''' ==
Berikut adalah ''shortcut'' untuk info teknis lainnya yang esensial dalam menggunakan ALELEON Supercomputer:  
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Halaman pada EFIRO
!Halaman
!Fungsi
|-
|-
|'''Files''' > Home Directory
|
|Menampilkan isi direktori HOME user. Dapat melakukan manajemen file seperti penyimpanan cloud + editing script file seperti input / output file.  
=== Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan ===
[[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]]
 
Memuat info daftar software komputasi beserta tutorial penggunannya:
 
* Daftar modul software yang terinstal.
* Template SLURM Submit Script.
* Info teknis lainnya yang perlu diperhatikan.
|-
|-
|'''Jobs''' > Active Jobs
|
|Melihat status / antrian job komputasi yang sedang berjalan di ALELEON Supercomputer baik dari semua user atau user sendiri.
=== Katalog Software ALELEON Supercomputer ===
|-
[[Berkas:Banner Katalog 1 4 2.jpg|1000x1000px |link=Katalog Software ALELEON Supercomputer |alt=Katalog Software ALELEON Supercomputer ]]
|'''Jobs''' > Job Composer
|Membuat dan menjalankan job (''job submission'') ke '''Compute Node ALELEON Supercomputer'''. Compute Node adalah bagian server ALELEON Supercomputer yang bertugas menjalankan job komputasi semua user.
|-
|'''Clusters''' > Aleleon Shell Access
|Legacy and true supercomputer experience! Mengakses ALELEON Supercomputer via terminal.
|}
[[Berkas:Efiroftp2edit.png|al=|nir|jmpl|900x900px|'''Halaman Files > Home Directory menampilkan isi direktori HOME user. User dapat melakukan manajemen file melalui deretan menu di bagian atas. User juga dapat membuka direktori ini melalui tampilan terminal via menu "Open in terminal".''']]
[[Berkas:Efiroeditmarked.png|al=|nir|jmpl|700x700px|'''User dapat melihat, mengedit, dan mengganti nama file script seperti file input, output, program, dll (format apapun, selama berisikan script) di EFIRO.''']]
[[Berkas:Efiroactivejobs.png|nir|jmpl|900x900px|'''Halaman Jobs > Active Jobs menampilkan daftar job komputasi beserta statusnya yang sedang berjalan di ALELEON Supercomputer.''' ]]
[[Berkas:Efiroshell.png|nir|jmpl|600x600px|'''Halaman Clusters > Aleleon Shell Access menampilkan terminal Linux (shell) ALELEON Supercomputer, ''talk about the legacy way to access supercomputer!''''' ]]


=='''4 - Job Composer: Menjalankan Komputasi (''Job Submission'') di ALELEON Supercomputer'''==
Memuat info lengkap katalog software ALELEON Supercomputer:  
[[Berkas:Efirojobcomposer2.png|nir|jmpl|800x800px|'''Halaman Jobs > Job Composer adalah tempat bagi user untuk menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer.'''|al=]]


Halaman Jobs > '''Job Composer''' adalah tempat bagi user untuk membuat dan menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer. Job yang dibuat melalui Job Composer akan dijalankan pada Compute Node. Berikut adalah langkah-langkah untuk menggunakan Job Composer:
* Daftar software yang terinstal secara global atau dapat digunakan oleh semua user di ALELEON Supercomputer.
 
* Daftar software komputasi beserta tutorial penggunannya, mencakup template untuk SLURM Submit Script.
=== 1. Membuat job baru dan memilih template job ===
User membuat job baru melalui menu '''New Job''' yang pada dasarnya Job Composer menyiapkan folder dan template untuk menjalankan program user.
[[Berkas:Jcnewjob.png|nir|jmpl|250x250px|'''Menu New Job''']]
Terdapat dua pilihan bagi user:
{| class="wikitable"
|+Opsi New Job yang direkomendasikan
!Menu New Job
!Penjelasan
|-
|-
|'''From Default Template'''
|
|Template yang dibuat oleh EFISON untuk menjalankan job apapun, di mana user harus menulis sendiri perintah untuk menjalankan program user.
=== Submit Script ALELEON Supercomputer ===
|-
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]
|'''From Template'''
|Template yang dibuat oleh EFISON untuk menjalankan job software komputasi tertentu seperti GROMACS, QE, NAMD, R, dll.
User dapat menyampaikan permintaan kepada admin EFISON untuk pembuatan template tertentu.
|}


==== Memilih Opsi From Template ====
Memuat info SLURM Submit Script untuk melakukan job submission di ALELEON Supercomputer:
Apabila user memilih opsi '''From Template,''' langkah berikutnya adalah memilih template yang akan digunakan dan (disarankan) mengisi kolom '''Job Name,''' setelah itu klik '''Create New Job'''.
[[Berkas:Jcselecttemplate.png|nir|jmpl|800x800px|'''Memilih job template''']]
Kemudian user akan kembali ke Halaman Jobs dan melihat ruang untuk job yang barusan dibuat telah terbentuk.
[[Berkas:Jcjobswall.png|nir|jmpl|600x600px|'''Ruang untuk job user yang siap digunakan.''']]


=== 2. Upload file program yang akan dijalankan ===
* Memahami dan membuat SLURM Submit Script.
Berikutnya user mengupload file yang dibutuhkan untuk menjalankan program tersebut (seperti file input, config, binary program, dll) melalui menu Edit Files.
* Aturan menentukan alokasi komputasi di ALELEON Supercomputer.
[[Berkas:Jcupload.png|nir|jmpl|700x700px|'''Manajemen file untuk job yang akan dijalankan''']]
|-
[[Berkas:Jcfilemanagement.png|nir|jmpl|700x700px|'''Opsi untuk upload dan editing file''']]
|
[[Berkas:Jcedit.png|nir|jmpl|600x600px|'''Menu Edit membuka halaman File Editor yang dapat digunakan user untuk mengedit file script.''']]
=== Menjalankan Program MPI di ALELEON Supercomputer ===
Semua file untuk job sudah siap? Berikutnya user kembali ke tab halaman Jobs.
[[Berkas:Wiki-13.jpg|1000x1000px |link=MPI ALELEON Supercomputer |alt=MPI ALELEON Supercomputer]]


=== 3. Mengisi (SLURM) Submit Script ===
Memuat info bagaimana menjalankan program paralel MPI di ALELEON Supercomputer:
Langkah berikutnya, yang dilakukan pada semua superkomputer, adalah membuat Submit Script untuk menjalankan job tersebut. Submit Script pada hakekatnya adalah '''menggunakan program manajemen superkomputer untuk mengantarkan job komputasi user ke Compute Node serta mengatur antrian, load balancing, dan alokasi resources (CPU, RAM, GPU, dll)'''. ALELEON Supercomputer menggunakan '''manajemen SLURM'''.
[[Berkas:Slurm.jpg|nir|jmpl|500x500px|'''ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM yang artinya user akan mengisi Submit Script berdasarkan perintah SLURM.''']]


=== 4. Submit job dan memantau jalannya job ===
* Memahami bagaimana arsitektur CPU AMD Zen2 menjalankan program MPI.
* Menjalankan program MPI pada ALELEON Supercomputer.
|}


=== 5. Mengenal opsi lainnya ===
__PAKSADAFTARISI__

Revisi terkini sejak 17 Oktober 2023 10.25

Halaman ini menjelaskan tutorial dan info teknis untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.

1 | Terhubung ke Jaringan VPN ALELEON Supercomputer

Kebijakan keamanan ALELEON Supercomputer mewajibkan user untuk login melalui koneksi VPN yang dibuat oleh EFISON.

2 | Opsi Menggunakan ALELEON Supercomputer

ALELEON Supercomputer memberikan dua opsi login dan penggunaan yaitu:

  • Penggunaan via terminal dan login SSH.
  • Penggunaan tampilan grafis via web service EFIRO.
Silahkan pilih cara menggunakan ALELEON Supercomputer sesuai preferensi user:

MENGGUNAKAN ALELEON Supercomputer via TERMINAL

Efiroshell.png

100% tradisional: CLI dan Linux all the way!

MENGGUNAKAN ALELEON Supercomputer via web service EFIRO

Efirodashboardshort2.png

Dengan fitur eksklusif: Job composer, sesi interaktif Jupyter Notebook / Lab, dan virtual desktop ALELEON Desktop.


3 | Support dan Laporan Kendala Penggunaan

Apabila membutuhkan layanan support dan menjumpai masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

Info Cepat

Berikut adalah shortcut untuk info teknis lainnya yang esensial dalam menggunakan ALELEON Supercomputer:

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

Memuat info daftar software komputasi beserta tutorial penggunannya:

  • Daftar modul software yang terinstal.
  • Template SLURM Submit Script.
  • Info teknis lainnya yang perlu diperhatikan.

Katalog Software ALELEON Supercomputer

Katalog Software ALELEON Supercomputer

Memuat info lengkap katalog software ALELEON Supercomputer:

  • Daftar software yang terinstal secara global atau dapat digunakan oleh semua user di ALELEON Supercomputer.
  • Daftar software komputasi beserta tutorial penggunannya, mencakup template untuk SLURM Submit Script.

Submit Script ALELEON Supercomputer

SLURM Script ALELEON Supercomputer

Memuat info SLURM Submit Script untuk melakukan job submission di ALELEON Supercomputer:

  • Memahami dan membuat SLURM Submit Script.
  • Aturan menentukan alokasi komputasi di ALELEON Supercomputer.

Menjalankan Program MPI di ALELEON Supercomputer

MPI ALELEON Supercomputer

Memuat info bagaimana menjalankan program paralel MPI di ALELEON Supercomputer:

  • Memahami bagaimana arsitektur CPU AMD Zen2 menjalankan program MPI.
  • Menjalankan program MPI pada ALELEON Supercomputer.


Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Tutorial_Menggunakan_ALELEON_Supercomputer&oldid=1207"