|
|
| (79 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan) |
| Baris 1: |
Baris 1: |
| Halaman ini merangkum urutan tutorial penggunaan dan semua informasi teknis untuk menggunakan ALELEON Supercomputer. | | Halaman ini menjelaskan tutorial dan info teknis untuk menggunakan ALELEON Supercomputer. |
| == '''Mengenalkan EFIRO OnDemand''' ==
| |
| EFIRO OnDemand atau disingkat '''EFIRO''' adalah konsol tampilan grafis (GUI) untuk menggunakan ALELEON Supercomputer yang dapat diakses melalui web browser. EFIRO dapat menjalankan fungsi esensial dalam menggunakan superkomputer dimulai dari manajemen data hingga menjalankan komputasi (job submission) pada ALELEON Supercomputer.
| |
| [[Berkas:Efirodashboard.png|nir|jmpl|700x700px|'''Tampilan dashboard EFIRO''' |al=]]
| |
| |
| |
|
| |
|
| === ''Doing the old way?'' Login SSH dan Terminal Linux '''ALELEON Supercomputer''' ===
| | == '''1 | Terhubung ke Jaringan VPN ALELEON Supercomputer''' == |
| ALELEON Supercomputer '''tetap membuka akses login SSH''' untuk user yang memilih tampilan terminal Linux atau berpengalaman menggunakan superkomputer. EFISON menyediakan [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal|'''tutorial terpisah untuk menggunakan ALELEON Supercomputer melalui terminal''']]. | | Kebijakan keamanan ALELEON Supercomputer mewajibkan user untuk login melalui koneksi VPN yang dibuat oleh EFISON. |
|
| |
|
| == '''1 - Koneksi VPN ALELEON Supercomputer''' ==
| | * Langkah membuat dan terhubung ke VPN ALELEON Supercomputer dijelaskan pada laman [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''Koneksi VPN ALELEON Supercomputer''']]. |
| Langkah pertama untuk mengakses ALELEON Supercomputer adalah [[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''menghubungkan perangkat user ke koneksi VPN ALELEON Supercomputer''']] demi keamanan jaringan dan data user selama mengakses ALELEON Supercomputer.
| |
|
| |
|
| == '''2 - Login''' '''EFIRO''' == | | =='''2 | Opsi Menggunakan ALELEON Supercomputer'''== |
| User mengakses EFIRO melalui alamat:
| | ALELEON Supercomputer memberikan dua opsi login dan penggunaan yaitu: |
| '''http://efisonlt.ood'''
| |
| Kemudian masukkan '''username dan password user''' '''ALELEON Supercomputer'''.
| |
|
| |
|
| == '''3 - Selamat Datang di Dashboard EFIRO''' ==
| | * Penggunaan via terminal dan login SSH. |
| Setelah login, user masuk ke dalam dashboard EFIRO yang menjadi ''central hub'' bagi user untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.
| | * Penggunaan tampilan grafis via web service EFIRO'''.''' |
| | {| class="wikitable" |
| | |+Silahkan pilih cara menggunakan ALELEON Supercomputer sesuai preferensi user: |
| | ! |
| | === [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal|MENGGUNAKAN ALELEON Supercomputer via TERMINAL]] === |
| | [[Berkas:Efiroshell.png|nirbing]] |
|
| |
|
| [[Berkas:Efiromenubarbig.png|al=|1056x1056px]]
| | ''100% tradisional: CLI dan Linux all the way!'' |
| {| class="wikitable"
| |
| |+Halaman pada EFIRO
| |
| !Halaman | |
| !Fungsi
| |
| |- | | |- |
| |'''Files''' > Home Directory
| | ! |
| |Menampilkan isi direktori HOME user. Dapat melakukan manajemen file seperti penyimpanan cloud + editing script file seperti input / output file.
| | === [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via EFIRO|MENGGUNAKAN ALELEON Supercomputer via web service EFIRO]] === |
| |-
| | [[Berkas:Efirodashboardshort2.png|900x900px]] |
| |'''Jobs''' > Active Jobs | | |
| |Melihat status / antrian job komputasi yang sedang berjalan di ALELEON Supercomputer baik dari semua user atau user sendiri.
| | ''Dengan fitur eksklusif: Job composer, sesi interaktif Jupyter Notebook / Lab, dan virtual desktop ALELEON Desktop.'' |
| |-
| |
| |'''Jobs''' > Job Composer
| |
| |Membuat dan menjalankan job (''job submission'') ke '''Compute Node ALELEON Supercomputer'''. Compute Node adalah bagian server ALELEON Supercomputer yang bertugas menjalankan job komputasi semua user.
| |
| |-
| |
| |'''Clusters''' > Aleleon Shell Access
| |
| |Legacy and true supercomputer experience! Mengakses ALELEON Supercomputer via terminal.
| |
| |} | | |} |
| [[Berkas:Efiroftp2edit.png|al=|nir|jmpl|700x700px|'''Halaman Files > Home Directory menampilkan isi direktori HOME user. User dapat melakukan manajemen file melalui deretan menu di bagian atas. User juga dapat membuka direktori ini melalui tampilan terminal via menu "Open in terminal".''']]
| | {{DEFAULTSORT:tutorial}} |
| [[Berkas:Efiroactivejobs.png|nir|jmpl|700x700px|'''Halaman Jobs > Active Jobs menampilkan daftar job komputasi beserta statusnya yang sedang berjalan di ALELEON Supercomputer.''' |al=]]
| |
| [[Berkas:Efiroshell.png|nir|jmpl|500x500px|'''Halaman Clusters > Aleleon Shell Access menampilkan terminal Linux (shell) ALELEON Supercomputer, ''talk about the legacy way to access supercomputer!''''' |al=]]
| |
| | |
| =='''4 - Job Composer: Menjalankan Komputasi (''Job Submission'') di ALELEON Supercomputer'''==
| |
| [[Berkas:Efirojobcomposer2.png|nir|jmpl|700x700px|'''Halaman Jobs > Job Composer adalah tempat bagi user untuk menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer.'''|al=]]
| |
|
| |
|
| Halaman Jobs > '''Job Composer''' adalah tempat bagi user untuk membuat dan menjalankan komputasi di ALELEON Supercomputer. Job yang dibuat melalui Job Composer akan dijalankan pada Compute Node. Berikut adalah langkah-langkah untuk menggunakan Job Composer:
| | == '''3 | Support dan Laporan Kendala Penggunaan''' == |
| | Apabila membutuhkan layanan support dan menjumpai masalah teknis dalam menggunakan ALELEON Supercomputer, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini. |
|
| |
|
| | | | [[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]] |
|
| |
|
| === 1. Membuat job baru dan memilih template job === | | == '''Info Cepat''' == |
| User membuat job baru melalui menu '''New Job''' yang pada dasarnya Job Composer menyiapkan folder dan template untuk menjalankan program user.
| | Berikut adalah ''shortcut'' untuk info teknis lainnya yang esensial dalam menggunakan ALELEON Supercomputer: |
| [[Berkas:Jcnewjob.png|nir|jmpl|250x250px|'''Menu New Job''']]
| |
| Terdapat dua pilihan bagi user:
| |
| {| class="wikitable" | | {| class="wikitable" |
| |+Opsi New Job yang direkomendasikan
| |
| !Menu New Job
| |
| !Penjelasan
| |
| |-
| |
| |'''From Default Template'''
| |
| |Template yang dibuat oleh EFISON untuk menjalankan job apapun, di mana user harus menulis sendiri perintah untuk menjalankan program user.
| |
| |- | | |- |
| |'''From Template'''
| |
| |Template yang dibuat oleh EFISON untuk menjalankan job software komputasi tertentu seperti GROMACS, QE, NAMD, R, dll.
| |
| User dapat menyampaikan permintaan kepada admin EFISON untuk pembuatan template tertentu.
| |
| |}
| |
|
| |
| ==== Opsi From Template ====
| |
| Apabila user memilih opsi '''From Template,''' langkah berikutnya adalah memilih template yang akan digunakan dan (disarankan) mengisi kolom '''Job Name,''' setelah itu klik '''Create New Job'''.
| |
| [[Berkas:Jcselecttemplate.png|nir|jmpl|700x700px|'''Memilih job template'''|al=]]
| |
| Kemudian user akan kembali ke Halaman Jobs dan melihat ruang untuk job yang barusan dibuat telah terbentuk.
| |
| [[Berkas:Jcjobswall.png|nir|jmpl|600x600px|'''Ruang untuk job user yang siap digunakan.''']]|
| |
|
| |
| === 2. Upload file program yang akan dijalankan ===
| |
| Berikutnya user mengupload file yang dibutuhkan untuk menjalankan program tersebut (seperti file input, config, binary program, dll) melalui menu '''Edit Files'''.
| |
| [[Berkas:Jcupload.png|nir|jmpl|700x700px|'''Menu Edit Files untuk melakukan manajemen file pada job yang akan dipilih.''']]
| |
| [[Berkas:Jcfilemanagement.png|nir|jmpl|700x700px|'''Disini user dapat melakukan manajemen file seperti upload, download, melihat file, dan mengoreksi script file apabila terdapat kesalahan atau perubahan.''']]
| |
| Semua file untuk job sudah siap? Berikutnya user kembali ke tab halaman Jobs.
| |
|
| |
| | | | | |
| | === Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan === |
| | [[Berkas:Wiki-15.jpg|1000x1000px |link=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan |alt=Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan]] |
|
| |
|
| === 3. Mengisi (SLURM) Submit Script ===
| | Memuat info daftar software komputasi beserta tutorial penggunannya: |
| Langkah berikutnya, yang dilakukan pada semua superkomputer, adalah mengisi '''Submit Script (terletak di kanan bawah halaman Jobs)''' untuk menjalankan job tersebut. Submit Script pada hakekatnya adalah bash script yang '''memerintahkan program manajemen superkomputer untuk mengantarkan job komputasi user ke Compute Node, mengalokasikan resources komputasi (CPU, RAM, GPU, dll), menjalankan job, dan mengatur antrian job.''' ALELEON Supercomputer menggunakan '''manajemen SLURM'''.
| |
| [[Berkas:Slurm.jpg|nir|jmpl|400x400px|'''ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM yang artinya user akan mengisi Submit Script berdasarkan perintah SLURM.'''|al=]]|
| |
|
| |
|
| ==== Struktur Submit Script ====
| | * Daftar modul software yang terinstal. |
| Secara umum, Submit Script atau SLURM Script dipecah menjadi 4 bagian penting:
| | * Template SLURM Submit Script. |
| | | * Info teknis lainnya yang perlu diperhatikan. |
| [[Berkas:Jcscriptrev.png|nirbing|623x623px]]|
| |
| {| class="wikitable"
| |
| |+Bagian Submit Script
| |
| !Nomor
| |
| !Penjelasan
| |
| |-
| |
| |1
| |
| |Header #!/bin/bash karena SLURM Script adalah bash script.
| |
| |-
| |
| |2
| |
| |Parameter SBATCH untuk mengalokasikan resources job seperti CPU, RAM, GPU, time, dll.
| |
| |-
| |
| |3
| |
| |[[Module Environment|'''Memuat software yang dibutuhkan untuk menjalankan job dengan Module Environment.''']]
| |
| Apabila user tidak memuat modul software yang benar maka job tidak akan berjalan.
| |
| |- | | |- |
| |4
| |
| |Input program (kalau ada) dan perintah utama untuk menjalankan program user.
| |
| |}
| |
| | | | | |
| | === Katalog Software ALELEON Supercomputer === |
| | [[Berkas:Banner Katalog 1 4 2.jpg|1000x1000px |link=Katalog Software ALELEON Supercomputer |alt=Katalog Software ALELEON Supercomputer ]] |
|
| |
|
| ==== Mengisi Submit Script ====
| | Memuat info lengkap katalog software ALELEON Supercomputer: |
| User dapat menulis atau mengubah Submit Script yang telah disediakan melalui menu Open Editor.
| |
| [[Berkas:Jceditor.png|nir|jmpl|500x500px|'''Gunakan menu Open Editor untuk menulis Submit Script, menu tersebut akan membuka halaman File Editor di mana merupakan tempat user untuk menulis script.''']]
| |
| Admin EFISON memberikan instruksi pada template script untuk memandu menulis script atau mengisi parameter yang diperlukan.
| |
|
| |
|
| | * Daftar software yang terinstal secara global atau dapat digunakan oleh semua user di ALELEON Supercomputer. |
| | * Daftar software komputasi beserta tutorial penggunannya, mencakup template untuk SLURM Submit Script. |
| | |- |
| | | | | |
| | === Submit Script ALELEON Supercomputer === |
| | [[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]] |
|
| |
|
| ==== Menentukan Resources Job SBATCH dan Contoh SLURM Script ====
| | Memuat info SLURM Submit Script untuk melakukan job submission di ALELEON Supercomputer: |
| Salah satu seni dalam menggunakan superkomputer adalah '''user menentukan sendiri jumlah alokasi resources (CPU, GPU, RAM, walltime, dll) yang akan digunakan''' melalui parameter SBATCH. Selain itu user juga menentukan sendiri opsi tambahan dalam menjalankan job seperti file output, notifikasi email, threading CPU, dan masih banyak lagi.
| |
| | |
| [[Alokasi Resources Job dan Contoh SLURM Script|'''Maka dari itu untuk membuat pengaturan alokasi tersebut, user harus mengetahui resources hardware ALELEON Supercomputer, bagaimana cara mengalokasikannya dengan benar, dan mengetahui parameter SBATCH SLURM yang dapat digunakan.''']] Alokasi resources yang tidak benar dapat membuat job berjalan lambat dan menghabiskan kredit Core Hour user.
| |
|
| |
|
| | * Memahami dan membuat SLURM Submit Script. |
| | * Aturan menentukan alokasi komputasi di ALELEON Supercomputer. |
| | |- |
| | | | | |
| | === Menjalankan Program MPI di ALELEON Supercomputer === |
| | [[Berkas:Wiki-13.jpg|1000x1000px |link=MPI ALELEON Supercomputer |alt=MPI ALELEON Supercomputer]] |
|
| |
|
| ==== Jangan Lupa Save Setelah Mengedit Submit Script! ====
| | Memuat info bagaimana menjalankan program paralel MPI di ALELEON Supercomputer: |
| [[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|400x400px]]
| |
|
| |
|
| |
| | * Memahami bagaimana arsitektur CPU AMD Zen2 menjalankan program MPI. |
| | | * Menjalankan program MPI pada ALELEON Supercomputer. |
| === 4. Submit job dan memantau jalannya job ===
| |
| Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job tersebut dengan menekan tombol '''Submit'''.
| |
| | |
| [[Berkas:Jcsubmit.png|nirbing|700x700px|al=]]
| |
| | |
| Perhatikan kolom '''Status''' pada job tersebut. User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job. Berikut adalah daftar Status yang terjadi:
| |
| {| class="wikitable"
| |
| |+Status jalannya Job
| |
| !Status
| |
| !Arti
| |
| |-
| |
| |Not Submitted
| |
| |Job belum pernah dijalankan
| |
| |-
| |
| |Running
| |
| |Job berjalan
| |
| |-
| |
| |Queue
| |
| |Job mengantri dan belum berjalan
| |
| |-
| |
| |Completed
| |
| |Job selesai berjalan
| |
| |-
| |
| |Failed
| |
| |Job berhenti di tengah berjalan.
| |
| Bisa karena di Stop atau Delete oleh user atau server tiba-tiba mati.
| |
| |} | | |} |
| Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop di sebelah tombol Submit.
| |
|
| |
| |
| |
|
| |
| ==== Melihat Hasil Job yang Selesai ====
| |
| Apabila job sudah selesai berjalan, user dapat melihat hasil file yang dihasilkan melalui '''Edit Pages''' atau melihat secara cepat pada kolom '''Folder Contents'''.
| |
| [[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|nir|jmpl|399x399px|'''User dapat melihat isi folder dari ruang job yang aktif pada Folder Contents.''']]
| |
| |
| |
|
| |
|
| ==== Submit Ulang Job ====
| | __PAKSADAFTARISI__ |
| User dapat menjalankan ulang job yang sudah selesai dengan mengklik kembali tombol Submit.
| |
